Es waren unruhige, es waren wilde Zeiten, in denen das Augustiner-Chorherrenstift Baumburg gegründet wurde. Der römisch-deutsche König und spätere Kaiser Heinrich IV. hatte sich mit dem Papst angelegt, woraufhin ihn dieser mit dem Kirchenbann belegt hatte. Papst Gregor VII. setzte den König ab, exkommunizierte ihn und löste alle Christen vom Treueeid, den sie Heinrich geschworen hatten. Papst Gregor bezeichnete Heinrich als „Verächter des christlichen Glaubens, ein Verwüster der Kirchen und des Reiches sowie ein Anstifter und Genosse der Ketzer“. Allerdings gewährte der Papst dem König eine Frist zur Umkehr, die dieser mit dem Gang nach Canossa nutzte. Die Krise zwischen dem König und dem Papsttum war damit aber längst nicht ausgestanden. Und auch die Fürsten des Reichs standen immer wieder in Opposition zum Regenten.

Unter dem Einfluss junger bayerischer Grafen aus dem Gründerkreis des Reformklosters Kastl in der Oberpfalz und des Reformstifts Berchtesgaden stellte sich im Jahr 1104 auch Heinrichs Sohn, Heinrich V., gegen den Vater: Markgraf Diepold III. von Vohburg, Graf Otto von Habsburg-Kastl und Graf Berengar von Sulzbach hatten sich aus reformreligiösen Gründen gegen den Kaiser verschworen, seinen Sohn an sich gebunden und diesen gegen den Vater aufgewiegelt. Diepold, Otto und Berengar redeten dem jungen Mann ein, er werde die Macht verlieren, wenn er sich nicht bald gegen den Vater stelle. Wartete er mit der Thronbesteigung bis zum Tod seines Vaters, werde ihm ein anderer zuvorkommen – so groß sei im ganzen Reich der Hass auf seinen gebannten Vater. Aus Sorge um sein Seelenheil schloss sich Heinrich mit den jungen bayerischen Adligen zu einer „Heilsgemeinschaft“ zusammen, um sich so die Nachfolge auf dem Kaiserthron zu sichern.

Diese Wirren beeinflussten auch die Umstände der Gründung des Klosters Baumburg. Zu der kam es durch den Einflüsterer Heinrichs V., Graf Berengar von Sulzbach (* vor 1080; † 3. Dezember 1125). Dessen erste Ehefrau, Gräfin Adelheid von Horburg-Lechsgmünd hatte ihm und zwölf Ministerialen in ihrem Todesjahr das Gelöbnis abgenommen, mit den Witwengüter aus ihren ersten beiden Ehen mit dem Chiemgaugrafen Marquart von Marquartstein und Ulrich von Passau ein weiteres Reformstift zu gründen. Das sollte nach Wunsch Adelheids der Kirche St. Margarethen in Baumburg angegliedert werden. Berengar hatte bereits das Stift Berchtesgaden gegründet und sich am Reformkloster in Kastl beteiligt, ein weiteres Stift angemessen auszustatten ließen aber vermutlich weder Mittel noch Zeit des Grafen zu – Berengar war gerade heftig in die Kämpfe Heinrichs V. gegen dessen Vater, Kaiser Heinrich IV., verstrickt. Die Ministerialen, die mit ihm in die Pflicht genommen worden waren, drängten ihn aber laut einer „Baumburger Mitteilung“ dazu, dem Gelöbnis endlich nachzukommen. Er erweiterte Baumburg um die Gründungsgüter von Berchtesgaden und schaffte es so, wenigstens ein gut ausgestattetes Stift auf die Beine zu stellen.

Berengar besetzte Baumburg mit Augustiner-Chorherren, die er zuvor aus Rottenburg berufen hatte, um das Stift Berchtesgaden zu errichten. Erster Baumburger Probst wurde Eberwin, der auch erster Probst des Klosterstifts Berchtesgaden war. Laut der „Fundatio monasterii Berchtesgadensis“ hatten die Augustiner „die einsame Wildnis Berchtesgadens, den schreckenerregenden Bergwald und das entsetzliche Erlebnis von ständigem Eis und Schnee“ als sehr unwirtlich empfunden und deshalb nach einem geeigneteren Platz gesucht. Doch sowohl Berengar als auch Eberwin gaben Berchtesgaden nicht auf – ungesichert ist jedoch, wer von beiden, im religiösen Eifer ohnehin zusammenwirkend, den ersten Anstoß zur Rückkehr gab, die dann vermutlich im Jahr 1116 vollzogen wurde. Berengar hatte das Klosterstift inzwischen besser ausgestattet, wodurch Eberwin erste größere Rodungen veranlassen konnte und sich die Augustiner-Chorherren endgültig dort niederließen.

Doch die Abtrennung der Berchtesgadener Ausstattungsgüter missfiel dem neuen Propst von Baumburg, Gottschalk (* um 1120, † 1163). Er betrachtete Eberwin als Abtrünnigen und tilgte ihn aus der Propstliste. Nach Berengars Tod im Jahr 1125 focht er die Rechtmäßigkeit der Trennung an und wandte sich an den zuständigen Bischof, Erzbischof Konrad I. von Salzburg. Der sollte nach Gottschalks Willen eine erneute Zusammenlegung verfügen. Erst nach einem Schiedsspruch Konrads im Jahr 1136 wurde das Nebeneinander beider Stifte im Sinne des Stifters Berengar bekräftigt und 1142 von Papst Innozenz II. erneut bestätigt. Die Baumburger Forderungen wurden als „Meinung gewisser einfältiger Brüder“ abgewiesen.

Die Augustiner-Chorherren wirkten vor allem als Seelsorger. Zum Stift Baumburg gehörten die Pfarreien in Baumburg-Altenmarkt, St. Georgen, Truchtlaching, Traunwalchen, Neuenchieming, Kienberg, Poing (heute Truchtlaching) sowie Besitzungen in Niederösterreich.

Die Augustiner-Chorherren sind ein Zusammenschluss mehrerer katholischer Männerorden, die nach der Regel des Heiligen Augustinus von Hippo – auch Augustinus von Thagaste genannt (* 13. November 354 in Thagaste in Numidien, † 28. August 430 in Hippo Regius in Numidien) – leben. Augustinus war neben Hieronymus, Ambrosius von Mailand und Papst Gregor dem Großen einer der vier lateinischen Kirchenlehrer der Spätantike und ein wichtiger Philosoph an der Schwelle von der Antike zum Mittelalter. Die Augustinusregel schreibt vor, dass das Leben in der Ordensgemeinschaft von Liebe und Eintracht geprägt sein soll. Die Brüder sollen einander mahnen und über die Einhaltung der Regeln wachen. Beim Eintritt in den Orden müssen die Augustiner-Chorherren auf persönlichen Besitz verzichten und alles dem Orden vermachen. Sie müssen enthaltsam leben, fasten und dürfen kein sinnliches oder materielles Begehren zulassen. Dazu kommt die Unterordnung unter die Gemeinschaft und die Anerkennung der Autorität des Oberen sowie regelmäßiges Beten.

Von Anfang an hatten Chorherrenstifte seelsorgliche, kulturelle und soziale Aufgaben zu erfüllen. Strenges Klosterleben, Gottesdienst, beispielhafte Seelsorge und wissenschaftliche Betätigung verschafften den Regularkanonikern die Bewunderung der kirchlichen Obrigkeit und des christlichen Volkes. In Baumburg erlangte die Schule des Stifts, die überwiegend von Söhnen des regionalen Adels besucht wurde, Bedeutung.

Eine Zeit des religiösen und wirtschaftlichen Verfalls machte Baumburg im 15. Jahrhundert – insbesondere während der Reformation – durch. Wiederholt wurde das Stift unter Administration gestellt, unter anderem zwischen 1536 bis 1538 unter die des Berchtesgadener Stiftspropstes und späteren Fürstpropstes Wolfgang II. Griesstätter zu Haslach. Zwischen 1523 und 1539 verwüsteten drei Mal Brände das Stift, so dass im Jahre 1579 nur noch drei Kanoniker im Stift wohnten. Mit Ende des 16. Jahrhunderts entfaltete Baumburg neues Leben: Die Stiftsschule genoss wieder einen guten Ruf beim Adel; die Zahl der Kanoniker nahm zu.

Die barocke Umgestaltung der gotischen Gebäude des Stifts begann um 1600 unter Probst Urban Stamler mit der Renovierung der mittelalterlichen Kirche. Dabei erhielten die Turmabschlüsse ihre charakteristischen Zwiebelhauben. Die Pröpste Michael Doegger (1688–1706) und Patricius Stöttner (1707-37) veranlassten Um- und Neubauten der Stiftsgebäude.

Anlässlich des 600. Weihejubiläums errichtete der Baumeister Franz Alois Mayr aus Trostberg unter Probst Joachim Fischer ab 1755 eine neue Kirche im Stil des Rokoko mit filigranen Stuckierungen und Fresken. 1803 wurde das Stift im Zuge der Säkularisation durch den bayerischen Staat aufgehoben. Bis 1812 wurden Stifts- und Wirtschaftsgebäude sowie die stiftseigenen Grundstücke versteigert. Die Stiftskirche diente fortan als Pfarrkirche von Altenmarkt. Viele Gebäude des Klosters wurden abgerissen.

Seit 1910 dient ein Flügel der Anlage als Altenmarkter Pfarrhof. Ein anderer Flügel war lange ein Erholungsheim der Englischen Fräulein. Heute ist dort ein privates Seminarhotel untergebracht, das gern von Chören und Orchestern genutzt wird.